质标所是浙江省农业科学院为适应我国农业标准化建设和农产品质量安全形势，于2002年10月院学科结构调整时独立成编的研究所，是全国成立较早的专业性研究机构。目前承建有农业部农产品及转基因产品质量安全监督检验测试中心（杭州）、农业部农产品质量安全风险评估实验室（杭州）、农业部农药残留检测重点实验室、农业部南方蜂产品质量安全监督检验中心、浙江省农药残留检测与控制研究重点实验室、浙江省技术标准综合研究基地，共建有国际橄榄油品质研究中心、中美食品安全与农用化学品残留合作研究中心、省部共建农产品质量安全国家重点实验室培育基地、浙江省食品安全重点实验室、浙江省食品与农业标准化研究中心、浙江省农产品安全标准与检测控制技术重点科技创新团队、浙江省标准信息与质量安全公共科技创新服务平台、浙江省农业生物技术创新服务平台、浙江省甲鱼肽工程中心等平台，也是浙江省农产品质量安全学会的挂靠单位，同时具有检验检测机构资质认定和农产品质量安全检测机构考核及农业部机构审查认可等法定检测资质、“三品一标”（无公害农产品、绿色食品、有机农产品及地理标志产品）产品认证和产地环境认定定点检测机构、农药登记试验（药效、残留、环境毒理和行为）定点试验单位、国家建设项目环境影响评价乙级资质、环保部新化学品登记合格实验室，是浙江省省级农产品质量安全定点检测机构、浙江省进出口商品检验认可实验室。
质标所围绕农产品质量安全学科发展和科技服务产业需求，重点加强农产品质量安全风险评估、检测溯源、农产品安全生产与质量控制、农药应用评价等技术攻关，形成农产品营养功能评价、转基因生物安全、农药残留检测技术、农药应用与环境毒理、农药残留与环境行为、畜产品质量安全、产地环境监测与评价、风险评估与法规标准研究等八个领域。目前拥有在编职工83人（其中高级职称占48%、硕博士占78%），是一支以青年骨干为核心的创新型科研团队。全所拥有实验室和附属用房5500㎡，仪器设备6710万元，试验基地167亩。先后与地方和企业合作成立了“绿城农科检测技术有限公司”、“浙江中南农产品质量安全服务中心”和“武义中正食品检测有限公司”等，并与美国、英国、德国、澳大利亚、丹麦、加拿大、比利时、新西兰、韩国等多个国家进行合作交流。
2003-2016年，承担省级以上科研项目1037项，争取科研经费2.67亿元，获省科技二等奖3项、三等奖6项，中国商业联合会科学技术奖一等奖、三等奖各1项，制定国际标准2项、国家标准10项、行业标准27项、省地方标准15项，省农产品质量安全学会团体标准4项。获国家发明专利授权22项，实用新型专利2项。发表论文724篇，其中SCI论文210篇，出版专著37本。
