《果树学报》从2016年起由双月刊改为月刊，缩短了发表周期，增强了学术信息的时效性；实行长英文摘要，字数达到1000字以上；同时彩色图版随文排版印刷，提高了期刊的出版质量。这些改进都为其走向国际化奠定了基础。2016年全国几家重要评价体系的数据表明：《果树学报》在全国同类期刊中的学术影响力进一步提升：据中国科学引文数据库2016年的报告，《果树学报》的影响因子为0.9054，排在农业科学类期刊Q1区。据中国科学技术信息研究所2016年10月份发布的2016年版《中国科技期刊引证报告》，《果树学报》在核心版中的影响因子为1.157（上年为0.992），在11种园艺学类期刊中排名第1；总被引频次为2781（上年为2225），综合评价总分79.18（上年为71.50），均在11种园艺学类期刊中排名第2。在扩展版中的影响因子为1.486，在38种园艺学类期刊中排名第2。据中国科学文献计量评价研究中心（中国知网）《中国学术期刊影响因子年报》（自然科学与工程技术·2016版），《果树学报》的复合影响因子为1.603（上年为1.490），期刊综合影响因子为1.292（上年为1.028），均居园艺学期刊第1位（共21种）。
