农业资源与环境研究所成立于2002年4月，由原土壤肥料研究所与农业现代化研究所合并组成，是江苏省农业科学院十三个专业研究所之一。农业资源与环境研究所下设5个研究室和科技服务部，研究领域涵盖面源污染治理与水体修复、农业废弃物资源化利用、现代农业生态、土壤与肥料、现代农艺与土壤修复等。全所建有6个研究平台，包括1个农业部重点实验室，2个农业部实验观测站、1个省级工程中心和2个院级重点实验室、工程中心。
农业资源与环境研究所现任所长艾玉春研究员，书记刘华周研究员，副所长马艳研究员，副所长张志勇研究员。截止2016年中旬，全所职工111人，在站博士后10人。其中研究员19人，享受国务院特殊津贴3人，获江苏省有突出贡献中青年专家4人，入选江苏省“333”高层次人才培养工程5人，入选江苏省“六大人才高峰项目”资助4人，中国博士后科学基金特别资助1人。
农业资源与环境研究所现有实验室、办公室面积6000平方米左右。实验室拥有同位素质谱仪、气质联用仪、原子吸收仪、微生物鉴定系统、便携式光合作用测量系统、高效液相色谱仪、气相色谱仪、流动分析仪、实时定量PCR仪、荧光倒置显微镜、蛋白质分离纯化检测仪、高速冷冻离心机等各类仪器设备近100台（套），总价值2000多万元。
“十二五”期间，全所新上科研项目242项，新增合同经费17195万元，累计到账科研经费13941万元。其中国家自然科学基金获得资助24项（其中面上项目5项、青年基金19项）。“十二五”期间培养研究生共35人，培养博士后26人（含在站9人），占江苏省农科院全院系统1/4强，1年以上中长期出国访学人员共计9人。全所获省市成果奖14项，其中主持获得省二等奖3项，5项成果通过鉴定。发表期刊论文总数401篇，其中SCI/EI收录论文达到78篇，申请国家专利134项（其中发明专利93项），授权国家专利87项（其中发明专利38项，1项为加拿大授权发明专利），软件著作权5件。“畜禽粪污综合处理技术”、“小麦机械匀（条）播高产栽培技术”等8项技术列入农业部或省主推技术。制订发布省地方标准24项，完成技术服务和知识产权收益近1000万元。
近年来，我所大力拓展国际合作与学术交流，先后与美国、加拿大、澳大利亚和丹麦等国家的多所大学和科研机构建立了合作联系，并派出多位年轻科研骨干赴美国德州农工大学、莱斯大学、佛罗里达大学、密西西比州立大学、加拿大农业部南方作物保护与食品研究中心、澳大利亚西澳大学等交流学习，搭建了较好的国际合作平台。
