2002年全院改革，园艺所定位为非营利性研究所，2017年2月，根据院部分内设研究机构调整的通知，园艺研究所更名为果树研究所，主要从事桃、草莓、葡萄、梨、常绿果树、干果、猕猴桃、柿子、石榴等果树种质资源的收集、保存、鉴定评价与利用以及新品种选育研究；果树栽培新技术、新模式研究；园艺作物科技服务。建有国家果树种质南京桃、草莓资源圃，江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室，江苏省果树种质资源基因库，江苏省果树种质圃。
现有在编职工39人，具有高级职称27人，其中研究员12人；具有硕士以上学位32人，其中博士（含在读）16人；目前在站博士后5人。2人享受国务院政府特贴；2人被省政府授予“江苏省有突出贡献的中青年专家”；在国家农业产业技术体系建设中，2人为研究室主任，3人列入岗位科学家，3人获批综合试验站站长。
果树所现有试验田477亩，其中院本部145亩，主要用于种质资源保存及新品种选育；院溧水示范基地198亩、院六合示范基地134亩，重点展示果树所的新品种、新技术。同时，在无锡、张家港、东海、泰州等省内不同产区建立了20余个试验示范基地，用于技术成果推广示范。年均主持承担国家、部、省级各类科研项目30项左右，先后育成果树新品种60余个，在省内的推广应用覆盖率达60％以上，在其他省市也得到大面积的应用，获国家、部、省各类科技成果奖40余项，授权专利58件。
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