农业工程技术研究所成立于1980年（原名地热农业利用研究所），2005年更为现名，位于福州市五四路。现有职工56人，其中，高级职称专家23名，享受国务院特殊津贴专家2名，福建省杰出科技人才1名，福建省科技创新领军人才1名，福建省“百千万工程”领军人才1名。
拥有国家食用菌加工技术研究分中心、国家食用菌产业技术创新战略联盟、福建省科技创新工程“海西食用菌加工产业创新战略联盟理事长单位”、福建省农产品（食品）加工重点实验室、福建省食品生物发酵技术工程研究中心、福建省农产品发酵加工工程技术研究中心、福建省农业科学院食品发酵技术生产性工程化实验室、福建省农业科学院酒类菌剂生产性工程化实验室等研究与服务平台。
主要开展食品资源、食品微生物、食品化学与营养、功能食品与生物活性物质、食品质量与安全、食品发酵与酿造及食品工程等理论研究与技术创新研发；开展农业生物质能、农业环保工程技术与环保设备研发、人居环境景观生态规划与保护等农业工程技术研究；成果转化与示范。
获国家、部省级科技成果奖27项（其中21项主持、6项合作），授权专利118项（其中发明专利82项），育成省审（认）定作物新品种3项。
所领导班子
林 斌 所长 TEL：87884153
黄贤贵 支部书记 TEL：87884297
陈君琛 副所长 TEL：83839010
何志刚 副所长 TEL：87877116
地址：福建省福州市五四路247号
邮编：350003
