中国农业科学院郑州果树研究所成立于1960年，是以果树（苹果、梨、桃、葡萄、猕猴桃、石榴、核桃、樱桃、草莓等）和瓜类（西瓜、甜瓜等）为研究对象的国家级科研机构，是国家果树瓜类科技创新中心、成果转化基地、国际合作基地和人才培养基地。
研究所面向世界农业科技前沿、面向国家重大需求、面向现代农业建设主战场，围绕“优质、安全、简约、多样、高效”的科技主攻方向,以种质资源为基础，以品种培育为核心，以栽培植保为支撑，以贮藏加工为拓展，以质量检测、风险评估和科技信息为保障，开展应用和应用基础研究，着力解决我国果树瓜类产业发展中基础性、战略性、全局性、关键性、前瞻性重大科技问题，为保障国家食物安全、食品安全、生态安全、人民健康、农民增收和可持续发展，推进美丽中国、健康中国建设和农业供给侧结构性改革，振兴乡村提供强有力的科技支撑，满足人民日益增长的美好生活需要和优美生态环境需要。
研究所经过近60年的发展，形成了涵盖种质资源、遗传育种、栽培生理、植物保护、贮藏加工、质量检测、风险评估、科技信息、示范推广等学科体系，创建了种类齐全、学科完整、特色鲜明、优势明显的研究体系。
研究所坚持“以人为本、人才兴所”的方针，大力加强人才队伍建设，培养和汇聚了一批国内外一流的领域科学家。全所共有600多人，在职职工202人。其中高级职称80人，博士31人、硕士83人。中原学者1人，国家和省部级有突出贡献中青年专家6人，享受国务院政府特殊津贴专家11人，国家现代农业产业技术体系岗位专家10人，中国农业科学院科技创新工程创新团队10个，河南省大宗水果产业技术体系首席1人。拥有果树学、蔬菜学、植物病理学、农业昆虫与害虫防治、农产品加工与贮藏工程等博士和硕士培养点。
研究所拥有6个处室和10个研究中心，现有国家葡萄桃种质资源圃、国家西瓜甜瓜中期库、国家农作物种质资源平台瓜果子平台、国家瓜果改良中心、国家猕猴桃科技创新联盟、农业部果树育种技术重点实验室、农业部果品及苗木质量监督检验测试中心、河南省果树瓜类生物学重点实验室、国家外专局引智示范推广基地、中国-新西兰果树科学联合实验室、中国-西班牙果树科学与技术联合实验室、中国-保加利亚果树生物学联合实验室等科技平台，在全国布局建设10个试验站和100个成果示范基地。主办《果树学报》、《中国瓜菜》和《果农之友》三份科技期刊。研究所是中国农业科学院文明单位和河南省文明单位。
研究所共取得各类科研成果207项，其中10项成果获国家级科技奖励，95项成果获得省部级奖励，培育并通过省级以上审定的果树瓜类新品种209个，其中国审（鉴）品种38个，形成了一批具有自主知识产权的新基因、新种质、新品种、新技术和新产品，产生了巨大的社会经济效益。
面向未来，研究所将紧紧围绕“顶天立地”的发展方向和“建成世界一流农业科研院所”的发展目标，大力实施科技创新工程，加快推进现代科研院所建设，全面提升学术水平和影响力，凸显“改革排头兵、创新国家队、产业驱动器、决策智囊团”的地位，为建设创新型国家做出新的更大贡献。
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