为适应建设社会主义新农村的需要，优化农村能源消费结构，促进农村资源的有效利用，改善农村生态环境。2007年11月，经吉林省人民政府批准，吉林省农业科学院成立农村能源研究所。2012年经相关部门批准，更名为农村能源与生态研究所。
农村能源与生态研究所现有职工24人，科研人员22人，其中研究员4人，副研究员8人，博士6人，硕士4人，博士后2名，在站博士后1名。农村能源与生态研究所在原有科研基础上进行全面的整合，现设有一级学科3个，二级学科10个，主要开展循环农业、农村生态与农村能源方面的研究，具体包括农牧结合循环生产技术、畜禽粪便和秸秆资源化循环利用技术、寒地沼气生产工艺、能源微生物选育技术、能源作物选育及生物质能转化、节能房及节能灶的设计和利用、农村生态环境整治与规划、生物多样性研究和环境净化植物选育研究等。
农村能源与生态研究所成立以来，先后承担国家“863”计划、“十一五”、“十二五”国家科技支撑计划、农业部及省科技厅、省财政厅、省环保厅等省级项目40余项。审定能源作物甜菜和菊芋新品种各2个，申请和授权专利10余项，发表学术文章90余篇。建有农村能源监测和检测实验室、厌氧发酵微生物实验室、生物质酶能源转化实验室，建有现代化农业温室，拥有各类实验仪器设备200多台套。在吉林省的长春市、公主岭市、农安县、九台市、乾安县等地建立了8个科研示范基地。
目前，农村能源与生态研究所已经成为吉林省内重要的农村能源与农村生态的研究单位。与德国、韩国、美国等科研院校机构等取得了科研联系，并与吉林大学和吉林农业大学等高校开展了广泛的科研合作。
未来农村能源与生态研究所将继续开展农村能源与生态的理论和技术创新，以循环农业为理念，开展以沼气为核心的生物质能源转化技术、农业废弃物资源化利用技术、农村生态环境整治等技术，为吉林省建设资源节约，环境友好型新农村和现代化农业做出应有的贡献。
