农产品质量安全研究所，隶属黑龙江省农业科学院，正处级单位。下设2个中心、1个重点实验室和5个研究室。
1．农业部谷物及制品质量监督检验测试中心（哈尔滨）
中心筹建于1991年，1996年3月通过国家计量认证和农业部机构审查认可，2009年8月通过了第三次农业部机构复查认可和347个产品，561个参数的国家计量认证。中心的职责和任务包括，承担全国性的农产品质量安全普查和风险评估工作，农产品检验检测技术和研发和标准的制修订，农产品质量安全对比分析研究与国际合作交流，农产品质量安全方面重大事故、纠纷的调查、鉴定和评价、农产品质量安全认证检验、仲裁检验和其他委托检验任务以及有关农产品质量安全方面的技术咨询和技术服务。
2．国家小麦加工技术研究分中心
立足大兴安岭沿麓适宜生产优质强筋春小麦生态资源优势、规模化生产优势和科技优势，以加速发展优质强筋面包粉、面条粉等加工业为突破口，带动以该区小麦粉为原料，制作适合国人口味的家常面食品、速冻食品及适宜快节奏生活的方便食品、快餐食品的产业化的家庭主食工业化进程。协助政府研究制定产业发展政策，促进小麦加工业加速发展。为小麦各界提供各种技术创新服务、质量标准服务、行业指导服务、信息服务和人才培训服务，建立起紧密结合的产学研多赢的小麦产业化模式。形成一个完整的大兴安岭沿麓优质强筋春小麦加工生产的产业化链条，为其生态资源优势、规模化生产优势和科技优势转化为经济优势提供技术支撑。
3．黑龙江省谷物品质与谷物食品重点实验室
实验室围绕谷物品质遗传改良、优质资源加工利用和农产品质量安全、大宗主要农产品作物品种区域试验，谷物品质鉴定指标、方法和检测技术以及优特资源产品开发进行应用基础研究。着重对品种资源进行营养品质、功能性成分、加工品质及安全性研究，提高农产品加工品质、加工工艺，挖掘资源潜力，保障食品安全和延长产业链，为东北地区主要农作物产业化发展提供强有力的科学与技术支撑。
研究所下设5个研究室：
（1）农业投入品应用评价研究室
主要承担农业部新农药登记残留研究试验任务以及我国农药残留限量指标、农业投入品检测方法、农产品质量安全监测体系研究。
先后承担和参与国家科技支撑计划子课题“水稻高产抗病保优关键技术研究”，黑龙江省科技厅攻关课题“主要农药残留检测新技术的研究与应用”，黑龙江省农科院创新工程项目“利用高效液相法对玉米赤酶烯酮检测方法的研究”，“豆田除草剂类农药残留监测体系的建立”，“蔬菜和水果中农药多残留快速扫描检测体系研究”等。
（2）农产品品质与营养研究室
开展了作物品种加工品质和农产品质量、营养两大方向研究工作，以及食用农产品中活性有效成份的提取纯化及质量控制技术研究等。
先后承担和参与国家科技基础性工作专项子课题“玉米中壬基酚聚氧乙烯醚及其代谢物和八氯二丙醚残留水平调查”，国家科技支持计划子专题“绿色水稻生产标准体系研究”，黑龙江省攻关课题“寒地山稻高产优质技术研究与示范”。 黑龙江省农科院创新工程项目“物性分析技术评价稻米食用品质的研究”，“农产品中菌落总数快速检测方法的研究”等。
（3）小麦品质研究室
重点研究小麦感官品质、小麦面团流变学特性、营养品质和食品加工特性。
先后承担和参与国家公益性行业科研专项子课题“优质小麦品质检测监控技术体系”，农业科技跨越计划项目子课题“小麦深加工利用价值与专用粉生产等项课题研究”，农业结构调整重大技术研究专项课题“强筋小麦新品种及其原粮品质快速检测技术”，黑龙江省地产小麦及专用粉产业化研究子课题“黑龙江省大面积推广品种的商品小麦品质监测体系建立及快速检测方法的研究”， 黑龙江省基金项目“小麦早期世代材料品质快速鉴定及其筛选效果的研究”，黑龙江省农科院创新工程项目“大豆、水稻、玉米和小麦主要品质指标近红外定标曲线建立与应用效果研究”等。
（4）生物技术检测研究室
利用生物技术手段进行品种特异性、一致性、稳定性及品种纯度鉴定方法的研究检测、转基因植物及其产品成分检测，在标记选择、DNA快速提取、PCR反应体系等方面取得了突破性创新，首次建立了黑龙江省玉米、大豆、水稻及国家春小麦主栽品种DNA指纹库，及时跟踪转基因发展情况不断研究新转基因的检测方法，提高转基因生物安全性评价的能力和水平。
先后承担和参与黑龙江省自然基金重点项目“利用微卫星标记技术鉴定黑龙江省水稻品种的遗传多样性”，黑龙江省农科院创新工程项目“快速简便的植物DNA提取方法的研究”，“黑龙江省主栽玉米品种DNA指纹图谱库的建立”等。
（5）质量标准与法规研究室
主要开展国内外农业和食品标准法规体系的比较研究、国内外标准和检测技术的动态跟踪、农业和食品安全质量标准的基础研究、农业和食品相关标准制定、农业和食品标准实施培训指导及推广应用、食品安全的风险评估、果蔬菜安全生产技术规范等。
承担农业部加工局项目“小麦加工国际标准跟踪与公共服务平台建设”，农业部农科中心项目“主要贸易国小麦质量安全标准比对分析研究”，先后制修订《专用小麦品种品质》、《小麦黑胚粒的测定》、《谷物及淀粉糊化特性的测定 粘度仪法》等国家标准6项，行业标准14项，地方标准21项。
国际交流：重视国内外学术交流，接待过加拿大、澳大利亚、日本、韩国、俄罗斯等国家专家及国内知名学者来访讲学，并派出人员留学进修和做客座研究。多次获得国家引智办资助，开展国际合作研究项目，邀请国外学者进行专题讲学和交流。
