植物保护研究所成立于1958年，是甘肃省唯一专门从事农作物病虫草鼠害研究和防治的省级科研机构，全省农作物种质资源及品种抗病虫性鉴定权威部门，被农业部认定为全国农药登记药效试验认证单位。现设植物病害研究室、农业昆虫及螨类研究室、农药研究室、新农药开发中心及农作物品种抗病虫性鉴定室、昆虫标本室和甘谷试验站。全所现有在职人员48人，本科以上学历占86%以上，其中研究员6人，副高职称10名；硕士生导师4人，博士1人，在读博士9人，硕士7人；享受国务院政府特殊津贴1人，甘肃省优秀专家1人，省属科研院所学科带头人1人。
建所50年来，有5项成果获得国家级奖励，49项成果获得省部级奖励。小麦条锈病、禾谷类作物病毒病、土传病害、迁飞性害虫及地下害虫、农田杂草、新农药研制等方面的研究在国内具有一定影响。“九五”以来，承担国家和省部科技项目40余项，取得成果24项，有17项成果分别获得国家和省级科技进步奖，获国家发明专利1项；所属新农药开发中心转化科技成果，新产品研发和产业化得到较好发展。为全省农业控害减灾、保障农业持续发展和社会主义新农村建设做出了较大贡献。
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