北京市种子管理站隶属于北京市农业局，为参照公务员法管理事业单位，加挂北京市农作物种子质量监督检验站和北京市南繁指挥部牌子，编制75人，在编人员66人。内设行业管理科、市场管理科、品种审定管理科、品种登记管理科、南繁管理科、质量管理科、转基因管理科、法规宣教科、人事科、计划财务科、后勤物业管理科和办公室12个科室。农业部种子及转基因生物产品成分监督检验测试中心（北京）、北京市农作物品种审定委员会办公室设在本站。
依据《中华人民共和国种子法》、《北京市实施<中华人民共和国种子法>办法》和《关于调整北京市农业局部分所属事业单位主要职责等有关问题的通知》（京编办发【2004】66号），负责北京市农作物种子管理工作，具体包括种子生产经营许可，检验机构考核，主要农作物品种审定，非主要农作物品种登记，新品种试验示范，种子市场检查，案件查处，转基因研发项目监管，南繁管理等。
作为全市种子行业管理部门，北京市种子管理站以新时期中国特色社会主义思想为指引，践行“创新、协调、绿色、开放、共享”的五大发展理念，坚持“两手抓两手硬”，一方面严格依法履职，营造良好的种业发展环境；另一方面，强化技术支撑体系建设，提升执法监管水平。
“十八大”以来，按照国务院“放管服”改革的要求，坚持专项执法检查与日常执法相结合，在组织开展春、秋季种子市场检查、夏季制种基地巡查、冬季种子企业检查等专项行动的基础上，建立了“双随机”抽查制度，企业检查率达100%，未发生重大种子违法案件和转基因安全事故。新修订的《中华人民共和国种子法》颁布后，全面宣贯落实，修订“北京市农作物种子生产经营许可审核标准”、简化“主要农作物品种试验审定程序”，在全国率先启动非主要农作物品种登记工作。积极推进“双1+10技术支撑体系”建设（即“1+10”农作物品种试验展示体系和“1+10”种子质量监督检验体系），重点开展高效节水品种、生态型粮经作物、特用玉米、设施蔬菜优新品种的评价、展示、示范，筛选出了一批抗病、抗逆、资源节约型的绿色品种；加快技术服务创新，在SSR分子检测技术体系和SNP鉴定技术领域不断实现突破，承担农业部、北京市真实性和转基因成分检测任务多项，年检测样品3000份以上。积极落实《国家南繁科研育种基地（海南）建设规划（2015-2025年）》，在全国首家完成了北京市南繁指挥部实验培训楼建设，南繁科研育种基地建设工作走在全国前列。探索区域协作机制，签订了《京津冀沪渝推进现代农作物种业亲诚惠容共同发展合作共识》。通过政策对接和项目带动，不断深化种业协同发展，出台《关于建立京津冀一体化农作物品种审定机制的意见》，开创了跨区域联合审定，审定玉米品种7个、小麦品种3个、水稻品种4个；组织京津冀沪渝科技成果展览，征集出版科技论文，发布五省市种业发展报告，实现种业信息资源共享；每年组织开展京津冀种业联合执法巡查，从源头控制假劣种子进入市场，确保京津冀农业生产用种安全。
良好的产业发展环境，吸引了国内外种子企业落户北京。截止2017年底，我市共有持证种子生产经营企业229家，其中育繁推一体化企业13家，占全国14%；上市企业6家；销售过亿企业共计19家，较2016年增加6家。 2017年全市种子企业销售额61亿元，占全国的8%以上。
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