2009年机构改革中，原秦皇岛市畜牧局、市水产局的职能并入秦皇岛市农业局。新组建的农业局，目前有干部职工317人，其中副县级以上干部20人，内设25个机关科室及23个局属事业单位，承担着拟订全市种植业、畜牧业、渔业、农业机械化等农业各产业和农村经济发展政策、发展战略、中长期发展规划并指导实施，促进农业资源合理配置和农业可持续发展以及农产品质量安全、农经管理、农村新能源开发利用等多项工作职责。近年来，在市委、市政府的有力领导下，秦皇岛市农业局瞄准发展沿海现代生态农业和农民持续增收“两大目标”，坚持走“生态优先、特色主导、园区带动、品牌引领、科技支撑”的沿海现代生态农业发展道路，在农业园区建设、项目农业发展、生态农业建设上狠下功夫，努力建设现代农业先行区、科技农业示范区、循环农业样板区和农村改革创新区。连续六年，被评为市级“文明单位标兵”；连续四年被评为省级“文明单位”；被省委、省政府表彰为“双拥工作先进单位”。2014年农业综合执法体系建设、畜牧业发展、水产品加工出口、农业科技创新与推广、农村能源清洁开发利用等10方面重点工作受到了省农业厅的通报表扬。
多年来，市农业局全体干部职工始终把干实事、谋发展作为最大责任，以扎实的工作作风，兢兢业业，确保了农业农村经济可持续发展，为建设沿海强市、美丽港城提供了有力支撑。
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市种子管理站
管理种子事宜，促进农业发展。
农作物新品种区域试验；
农作物新品种审定；
农作物种子（生产/经营）许可证管理；
农作物种子质量管理；
农作物种子市场管理；
种子质量纠纷；
田间现场鉴定。
市植物保护站
一、植物保护的职责：
1、贯彻、执行有关植物保护的法律、法规；
2、负责农业有害生物的监测、预报；
3、制定农业有害生物的治理方案，并组织实施；
4、组织开发和推广无公害农产品生产技术；
5、宣传指导农药的使用，组织植物保护新技术、新农药、新药械的试验、示范、评价和推广；
6、培训植物保护技术人员、植物检疫人员，并进行资格审查与认证；
7、宣传普及植物保护科学技术知识；
8、组织开展植物保护防灾减灾和社会化服务；
9、法律、法规赋予的其它职责。
二、农药监督管理的职责：依据《国务院农药管理条例》在全市范围内开展农药生产、经营和使用的监督管理工作，负责农药经营人员的培训，农药经营单位的资格审查，农药市场的监督检查。
三、植物检疫的职责: 依据《国务院植物检疫条例》在全市范围内开展植物检疫执法工作，负责植物检疫人员的培训，资格审查与认证，依法开展产地检疫和调运检疫工作，防止为害植物的危险性病、虫、杂草等植物疫情传播蔓延，保护农业生产安全。
