植物保护学院前身包括山东大学农学院植物病虫害学系、山东省立农学院植物病理学和昆虫学教研室以及齐鲁大学农业专科学校的一部分。1952年全国院系调整时，将其合并为山东农学院植物病虫害学系，1954年更名为植物保护系，2000年12月撤系建院，成立植物保护学院。在几代教职工的共同努力下，学科建设迅速发展，在科教兴鲁、科教兴国事业中取得了丰硕成果。
学院设有植物病理学系、昆虫学系、农药学系、烟草学系、森林保护学系和菌物资源利用等6个系；设有植物保护学博士后科研流动站，拥有植物保护学一级学科博士点，植物病理学、农业昆虫与害虫防治学、农药学、菌物学、烟草学等5个二级学科博士学位授权点，有植物病理学、农业昆虫与害虫防治学、农药学、森林保护学、菌物学、烟草学和植物保护专业学位硕士等7个硕士学位授权点，在校研究生287人；现有植物保护、制药工程、动植物检疫、烟草、森林保护（有害生物防控方向）、森林保护（菌物资源与利用方向）6个本科专业，在校本科生1691人。
学院现有教工76人，其中中国科学院院士1人，泰山学者2人，教授18人，副教授24人。其中，享受国务院特殊津贴6人，国家有突出贡献的中青年专家1人，国家百千万人才工程2人，国家大宗蔬菜产业技术体系岗位科学家1人，国家蔬菜卵菌首席科学家1人，教育部新世纪优秀人才1人，省级教学名师1人，山东省十大优秀教师1人，国家和省农业产业体系岗位专家5人，山东省专业技术拔尖人才3人，山东省有突出贡献中青年专家3人，山东省现代农业产业技术体系创新团队岗位专家4人。在植物病理学科设立泰山学者特聘教授岗位。拥有植物病理学泰山学者创新团队、昆虫学特聘教授创新团队、植物病理学省级重中之重建设学科、昆虫学省级重点学科、农药学科省级重中之重建设实验室，山东省烟草病虫害研究中心。在学校支持下投资近千万元建设完成“农业微生物重点实验室”。实验中心拥有实验室15个，有昆虫、植病、杂草等标本室、农药加工实验室、植保站、植保园区、昆虫繁育试验场各1个，开出实验项目205个。实验中心总面积1766平方米,仪器设备2200余台件，总值1350多万元，利用这些条件，圆满完成了各项教学科研任务。
科研工作取得了长足的发展，主持或参加863、国家自然基金等国家级、部级科研课题100余项，省自然基金、科技攻关等省级课题60余项、厅级及横向联合课题50余项，国际合作项目4项。近三年累计课题经费5000余万元，在各级刊物上发表论文500余篇，其中被SCI收录150余篇。学院不断加强同国内外院校的合作与交流，同瑞典、法国、美国、以色列、英国、日本等国家部分著名大学的学者建立了长期互访和合作关系。
学院始终将教学工作摆在中心位置，秉承先进的办学理念，坚持以学生为本，突出学生创新能力的培养，促进学生综合素质的不断提高。加强师资队伍建设和课程体系改革，加强教材和教学条件的配套建设，提高了教学质量,在全校教学工作评估中多次获得优秀，办学水平和人才培养质量不断提高，形成了良好的院风学风。加强校地联系，多家企业在学院设立了企业奖学金和助学金。本科毕业生连续10年考研率全校第一，每年均在60％以上，最高时达到72.6％。学生就业率一直在全校名列前茅，近几年均在95％以上。迄今为止，已有8000余名毕业生分别工作在教学、科研、技术推广、企业经营和党政管理岗位上，有的已成为中国科学院院士或担任省、厅级领导职务。
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